本書(三冊四四０面二六四、０００字)不分卷，依照原書按年輯錄。故宮博物院前於民國二十一年就所藏清代軍機處檔案輯印「清光緒朝中日交涉史料」八十八卷，本書即據以集成一種光緒初年以訖甲午之戰與臺灣有關之中日關係史料。內有兩特點：第一，由於臺灣與琉球鄰近，在對日關係上往往有所牽連；凡與球案有關文件，均予選入。第二，甲午之戰國內反對和議條款之文件約占全書三分之一(凡有論及臺灣者，概行采入)；此等大多屬於「留中不報」之陳奏，多為他書所未見。本書與前編第一九八種「清季外交史料選輯」比較，顯見前編一書原輯者對於軍機處存檔已有所取捨或尚有未及獲睹；即如上述國內反對和議條款之件，前編原書則十不及一。