本書(一冊一二六面七五、六００字)分五部分，據故宮博物院先後就清代軍機處檔案所輯各種史料有關中法戰爭關涉臺灣文件彙選而成，用補前編「法軍侵臺檔」(見第一九二種篇)之不足，因稱為「補編」。第一部分，選自「清光緒中法交涉史料」一書。所選補者除少數奏摺外，大部分均為電寄、電報等件。第二部分，選自「光緒十年中法交涉電報檔」(原載「文獻叢編」後編第五輯)。原有電文三十九件，今選補二十九件。第三部分，選自「清光緒朝中日交涉史料」一書。中法戰爭期間，日本有接濟法國情事及朝鮮發生「甲申之亂」，選補其與法軍侵臺有關電報五件。第四部分，則為「醇親王奕譞致軍機處尺牘」(原載「文獻叢編」前編第七輯)。原共一百零七件，今錄其十之八九。第五部分，則為「軍機處雜檔中之尺牘」(原載「文獻叢編」前編第十八輯)。原共五件，內第一至第四通亦為醇親王奕譞致軍機處尺牘；除第五通係他事不錄，餘全行采入。