本書(四冊四七六面二八五、六００)分四卷，係由「明清史料」甲編、乙編、丁編、戊編及己編選輯清初敉平南明江、浙、皖、贛等省抗清運動有關檔案而成。當年南明之抗清，由福、魯、唐、桂諸王相繼監國、繼統與之相持；東南各地倡義響應，風起雲湧。有關清廷應付臺灣鄭氏之一切檔案，已另彙輯「鄭氏史料」，分刊第一五七種「鄭氏史料初編」、第一六八種「續編」及第一七五種「三編」。本書即就關涉鄭氏以外之資料彙輯，總名曰「南明史料」。計卷一有六十二件，自順治二年迄四年；卷二有四十八件，自順治五年迄七年；卷三有三十件，自順治八年迄九年；卷四有五０件，自順治十年迄康熙元年：全書共收一九一件。凡此文件，雖然充滿「叛賊」、「寇逆」之類字樣，卻適足反映當時東南各省民族情緒之高昂與抗清運動之激烈。本書應與「鄭氏史料」並讀，方可獲得南明抗清之概觀。